Preuve de son dynamisme, AUP offre depuis 2005 cinq programmes de troisième cycle via un Mastère de Science en Finance, un Mastère de Lettres en Relations Internationales, Résolution de Conflits et Société Civile, un Mastère en Communication Globale, un Mastère en Etudes Islamiques et Moyen Orient et un Mastère en Stratégie des Politiques Publiques.

Le Mastère en Finance est un diplôme de niveau Bac +5 enseigné en anglais, conçu spécifiquement pour les cadres en activité, puisqu'il consiste en un programme intensif d'un an qui permet aux participants de continuer leur vie professionnelle tout en suivant des cours le soir et le week-end. Il permet d'optimiser leur potentiel via l'étude approfondie de la finance d'entreprise, l'investissement bancaire et le management du risque.

Un corps exceptionnel d'enseignants provenant des meilleures universités d'Europe et des Etats-Unis, telles que la London School of Business ou The Hass School of Business of California at Berkeley, viendront ajouter leur expertise à celle des professeurs de Baruch et d'AUP. Les étudiants bénéficieront donc d'un contact privilégié avec les meilleurs esprits financiers des deux continents.

Raccordé à Bloomberg et à Reuters, ce programme a nécessité, en plus des ressources académiques traditionnelles, la mise en place d'une Salle des Marchés, destinée aux exercices de simulation des pratiques financières. 

Le Mastère en Relations Internationales, Résolution des Conflits et Société Civile est dispensé en français et en anglais. Il est mené en partenariat avec l'Institut Catholique de Paris. Les étudiants peuvent suivre des cours théoriques dans les deux institutions et participer à des modules intensifs avec des spécialistes reconnus. L'objectif est de favoriser, à Paris, la constitution d'une équipe d'étudiants, de chercheurs et des spécialistes travaillant dans des langues, des cultures et des systèmes d'éducation différents. Et ce, afin de développer des compétences, en matière de résolution des conflits, d'assistance humanitaire et de solidarité internationale. 

Le Mastère en Communication Globale rejoint le cercle très restreint des programmes de Mastères qui procèdent à l'étude systématique des systèmes de communication à l'échelle globale. Le point de mire de ce programme sera l'étude de la révolution technologique provoquée par l'internet, la numérisation et les transformations économiques dues à la mondialisation des marques, ainsi que les questions d'ordre interculturel suscitées par ces tendances.

Ce programme s'articule autour d'une solide préparation intellectuelle en communication dispensée par des professeurs chercheurs d'excellence, associée à une formation pratique et dynamique avec des experts internationaux et des chercheurs reconnus dans les domaines de la publicité, la gestion des marques, le marketing, les politiques culturelles et les stratégies de communication des ONG. 

Le Mastère en Etudes Islamiques et Moyen Orient s'appuie sur des séries de lectures, complétées par de nombreux séminaires spécialisés. Ce programme s'adresse aux individus qui nécessitent acquérir une éducation globale, et à la fois détaillée, sur l'histoire, la politique, la sociologie, la religion et la culture du Moyen-Orient et du monde islamique.

Enseigné par des experts internationaux et des professeurs reconnus dans le domaine du Moyen-Orient et du monde musulman, la force de ce programme réside dans l'établissement d'un objectif à deux niveaux: comprendre, interpréter et placer les faits dans leur contexte, et par conséquent, utiliser ces connaissances afin de réfléchir sur les défis rencontrés par le Moyen-Orient et le monde islamique, et ceux qu'ils représentent pour le reste du monde. 

Le Mastère en Stratégie des Politiques Publiques forme de futurs leaders à la production de solutions de politique publique efficaces et viables pour les problèmes émergeants de notre époque. Le Mastère en Stratégie des Politiques Publiques offre un curriculum interdisciplinaire et global, et propose des zones de concentration innovantes: Politique Energétique, Politique Migratoire et de l'Intégration, et Politique Financière du Développement. Il a été conçu et sera enseigné en collaboration avec les enseignants de la New York University Robert Wagner Graduate School of Public Service.